通政使司的成立，宣佈了朱元璋扭轉舊有軌制的決心，給胡惟庸當頭澆了一盆冷水。胡惟庸不是笨蛋，大概便是在這個時候，他逐步意想到了朱元璋不會容許宰相再有以往的大權。先前廢止平章政事以及參知政事，原來不是為了自己，而是為了給設立通政使司鋪路，這下將最能謀私的「奏事不準隔越中書」的老例子改了，之後自己的日子怕是不好過了……
軌制儘管扭轉，但舊的習氣一時很難完整改變，況且儘管成立了通政使司，但宰相軌制並無消散。通政使司收上來的奏章仍是要送到中書省，由丞相大人決斷，朱元璋要想知道朝臣們的奏章都寫了些甚么，終究仍是得依託檢校。
通政使司在最初成立的時間裡根本上是作為中書省的祕書處存在的。朱元璋固然不能容忍這類環境，他在洪武十一年(1三七8年)跟六部的人說：「做天子的人深居獨處，能明鑑萬里，主要是因為他兼聽廣覽，認識民情。胡元之世，政令都出於中書省，凡事必先關報中書，然後才奏聞給天子，元代又多昏君，所以民情欠亨，以致大亂。這是咱們要深認為誡的。」於是下詔，諸司奏事勿關白中書省，直接奏報天子。
這一下對於宰相權利來講是致命的打擊，從基本上搖動了宰相擅權的基礎。胡惟庸之所以可以或許打壓眾臣，剔除了異己，靠的便是舊制「奏事不準隔越中書」，這個軌制利便他扣壓奏章，欺下瞞上。六部主座原本有工作都是通過中書省以及天子聯絡，但這個聖旨使六部直接以及朱元璋聯絡上了，若果然如此，則宰相的權利就會被完整架空。
扳倒那麼多敵人，10分困難從開國初年之處小官爬到國度最高行政主座的地位上，還沒怎樣好好享受呢，就眼睜睜地被天子一點一點減弱手中的權利，這是胡惟庸所不能接受的。與其束手待斃，不如起而爭之，橫豎都是個死，爽性挺而走險。
於是，胡惟庸開始策動謀逆，到了洪武103年(1三80年)，他感到時機成熟，籌備行為了——
洪武103年炎天，胡惟庸向朱元璋報告請示：「臣的家裡呈現了醴泉，此乃祥瑞之兆，但願陛下勞駕臣的家中觀賞。」所謂「醴泉」，乃是說泉水清香馥郁，猶如好酒一般，胡惟庸說他家裡中有一口井，井水驟然變化，湧出的滿是瓊漿。
聞聽此事，朱元璋大感好奇，於是就在蒲月初2日從西華門擺駕出宮，前去胡府。但是天子的車隊走了沒有多遠，驟然瞥見個人從道路閣下直衝出來，攔住了御駕。衛士們懼怕這人是刺客，慌忙衝上前往將其圍住，拳打腳踢。但是這個人一手扳著馬車，一手直指胡府，滿臉是血也不願鬆手。朱元璋感到稀罕，細心一看，原來這人是西華門內使，一個名叫雲奇的太監。
朱元璋讓人把雲奇架到自己眼前來詳加訊問，惋惜這個時候雲奇已經經被打得岌岌可危，說不出話來了。朱元璋見雲奇一直指著胡府，猜想此事一定與胡惟庸有關，於是回身返回西華門，登上門樓遠瞭望去。
胡府間隔西華門其實不迢遙，登高而望，亭臺樓閣一覽無餘。不望還好，這一望可把朱元璋嚇了一大跳，只見胡府中有很多披堅執銳的軍人，全都匿伏在走廊兩旁以及牆壁後面。
「胡惟庸想造反！」朱元璋慌忙分配兵士前去圍殲，很快就抓住了那位一人之下，萬人之上的中書左丞相，隨行將其押赴市曹處死。
這便是「雲奇告變」的故事——所致於那位赤膽忠心的太監雲奇，聽說由於傷勢太重，沒過量久就嚥了氣……
胡惟庸犯下的所謂「謀逆」案，是朱元璋大殺元勳的肇始，也是他收回宰相權利的終究一擊。彼時咱們這本書的主角——錦衣衛——尚無正式成立，朱元璋身旁依然只有從開國前就成立的祕密部隊——檢校。
關於「雲奇告變」的荒唐故事，儘管也發源於明代，但就連明代人自己都不信任。事實上胡惟庸死的那一年，他的罪名還其實不是謀反，只是「專權枉法」罷了，「謀逆」的罪名以及諸多罪惡都是後來才陸續加之的。在胡惟庸身故以後，他的案子像滾雪球同樣越滾越大，牽扯進來的人愈來愈多，終究，就連李善長也被拉進「胡黨」，送了生命才算完事。
且說從洪武十一年朱元璋拿六部訓話後，原來在中書省轄下的六部就此取得了越過中書省直接向天子報告請示工作的權利，這給朝政帶來了不小的凌亂。一個別制裡，一對一的單線治理最簡單，放到大明代便是天子—中書省—六部，按軌制來講，六部仍是屬於中書省的統領範圍，六部的尚書們應當對胡惟庸負責；但按天子的金口玉言來講，六部可以直接給天子寫講演。這樣很多工作處理起來就比較麻煩了，你不得不告知天子——天子他老人家說了得告知他嘛，也不得不告知中書省——就算天子批了便條，也得由中書省釋出啊，反正是繞無非中書省的。這一下變為多頭治理，於是乎，六部的**們在天子以及宰相之間疲於奔命，不免犯錯，這更讓朱元璋下定了廢止宰相軌制的決心。
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